לאחר שתי ועדות חקירה והגשת כתב אישום, מבקר המדינה מפרסם את מסקנותיו לגבי התנהלות המדינה ביחס למכינות מאז האסון בנחל צפית. בין הטענות: חוסר בהירות לגבי היקף אחריות הפיקוח של שני משרדי הממשלה האחראים על המכינות, החינוך והביטחון, קיומם של נהלים שאינם תקפים, וליקויים שהיו ידועים מראש באופן הפעילות של מכינת ציון.
מבקר המדינה, שיצא לבדוק את התהליכים שעברו במשרדי החינוך והביטחון המפקחים על פעילות המכינות, מאז האסון בו מצאו את מותם עשרה בני נוער, מצא כשלים בתפקוד משרדי הביטחון והחינוך בכל הנוגע להסדרת הפיקוח והאחריות בין המשרדים ובהגדרת תפקידיו של כל משרד בעבודה מול המכינות. המבקר מצא שהנהלים של משרד החינוך בנוגע לפעילויות חוץ, ובין היתר שירותי הלשכה לתיאום טיולים ושירותי 'חדר מצב', אינם תקפים לפעילות המכינות. גם הנהלים המנחים את צה"ל אינם רלוונטיים.
"הבדיקה העלתה כי הפיקוח של משרד החינוך ושל משהב"ט על המכינות היה דל ביותר, הדבר בא לידי ביטוי בכך שלשני המשרדים אין תוכנית עבודה שנתית לביצוע פיקוח על המכינות, אין גם כוח אדם ייעודי שעליו הוטלו משימות הפיקוח" כותב המבקר. "המשרדים לא מנהלים תיקי דוחות וסיכומיי תחקירים אודות אירועים חריגים שאירעו במכינות" הוא מוסיף.
דוח המבקר היא ההתייחסות הרביעית לאסון, וקדמו לו שני מסקנות ועדה וכתב אישום. ביוני 2018, חודש וחצי לאחר האסון, פורסמה טיוטת דוח שערכה ועדה שהקים משרד החינוך. הוועדה עסקה בבחינת הסדרת טיולים ופעילויות חוץ במכינות הקדם צבאיות כדי לבחון את המשך פעולתן הבטוחה של כלל המכינות בשנת התשע"ט וכדי להבין את מבנה האחריות להפעלת המכינות. הדוח מצא כשלים מהותיים באופן הפיקוח של המשרדים והתנהלות המכינות הקדם צבאיות. בדצמבר פורסם דו”ח ועדת אהרונישקי שמינתה מועצת המכינות. הדוח אינו התעסק באסון עצמו. ברובו העביר ביקורת על המדינה וביקש לייצר תוכנית פעולה בטיחותית להמשך הפעילות של המכינות. בסוף פברואר התפרסם כתב האישום כנגד ראש מכינת 'בני ציון' יובל כאהן ומנהל התכנית החינוכית של המכינה לשעבר אביב ברדיצ'ב והוחלט שהם יועמדו לדין בכפוף לשימוע בכתב אישום חמור שפירט תהליך קבלת החלטות מטריד ומאשים את שניהם בהתעלמות מכל ההתראות הבטיחות האפשריות.
בפגישה שקיימו נציגי משרד מבקר המדינה עם ההורים ששכלו את ילדיהם באסון בנחל צפית, הועלו טענות קשות על ליקויים בתחום פעילויות החוץ שהתקיימו במכינת בני ציון. בין היתר טענו ההורים שלא היו במכינה הנחיות לפעילות חוץ ולאופייה, מנהל המכינה והסגל לא ביקשו הנחיות לפני פעילות החוץ ולא הביאו בחשבון התראות שהתקבלו בנוגע למזג האוויר ששרר בימי פעילות החוץ. המבקר מתייחס להחלטת משרד החינוך לא לחדש את פעילות מכינת בני ציון בשנת הלימודים הקרובה, למרות דרישתם של ראשי המכינה בגלל שינויים שלא נעשו בה עדין, אך הוסיף שהכשלים והנושאים בהיבט המנהלתי והארגוני אינם רלוונטיים למכינת בני ציון בלבד, ועל משרד החינוך ומשרד הביטחון לבדוק שכל המכינות פועלות ועומדות בהן.
אחד הדגשים עליהם הצביע המבקר, אשר מתכתבים עם הביקורת של הדוחות הקודמים, נוגע לאי קיומם של נהלים מפורטים ומותאמים לטיולים ולפעילות חוץ שיש בהם כדי להנחות את בעלי התפקידים במכינות. בנוסף על כך המבקר הצביע על השוני בין המכינות ברמת התכנון, הביצוע והבקרה, וטען כי "אין 'שפה אחידה' לכל המכינות בנושא.. חסרה הגדרת תפקידים וחלוקת אחריות ברורה בתוך המכינות בנושא" כתב המבקר. כזכור, וועדת החינוך, בעקבות דוח הוועדה הראשונה, הציעה למכינות הסדר ביניים, עד גיבוש המסקנות והתקנות הסופיות, וביניהן אימוץ וולונטרי של חוזרי מנכ"ל של משרד החינוך בנושאי פעילויות חוץ והסתייעות בשירותי הלשכה לתיאום טיולים וזאת עד שיגובשו נהלים מחייבים סופיים.
על פי מבקר המדינה הגופים המעורבים בנושא החלו לנקוט, בעקבות האסון, פעולות שנועדו להסדיר את פעילות המכינות ואת הפיקוח עליהן, ועל כן מבקר המדינה מצא לנכון כבר עתה להתייחס לפעולת המשרדים אך הדגיש שאין מדובר בדוח ביקורת אלא בסיכום של תמונת המצב הנוכחית. המבקר ציין שישנם מספר פעולות במישורים שונים בשטח בהם פעלו המשרדים מאז האסון ובהם: ביצוע בקרות שטח על טיולים ופעילויות חוץ והצפת אירועים חריגים באמצעות מערך מפקחים של אגף ביטחון במשרד החינוך, הסדרה של פעילויות חוץ מסוימות, שאינן כלולות בחוזרי מנכ"ל משרד החינוך, שיתוף פעולה עם האגף הביטחוני-חברתי במשהב"ט בנוגע לתוכנית הכנה לשירות צבאי שהוא גיבש ועוד.
"קיימת חשיבות עליונה – בבחינת צו ערכי עליון – לשמירה על בטיחותם של החניכים" מסכם המבקר. "חשוב כי משרד החינוך ומשהב"ט יממשו באופן מלא את אחריותם לפקח על פעילות המכינות בתחומים שהוגדרו ושיוגדרו בעקבות האסון שארע בנחל צפית. הבדיקה המקדמית שערך משרד מבקר המדינה העלתה כי יחסי הגומלין המשולשים: משרד החינוך – משהב"ט – מכינות, דורשים הסדרה בעיקר בכל הנוגע לתחום הפיקוח והבקרה".
